El proceso químico es el siguiente, las bacterias y levaduras presentes en el aire se multiplican en la pulpa que rodea los granos por su concentración de azucares y esta se descompone formando un liquido acido y alcohol, esto aumente las temperaturas del montón lo cual genera unas transformaciones dentro de cada grano, su color cambia de purpura a marrón chocolate y el olor a cacao comienza a manifestarse. El objetivo de esta fermentación es doble, primero que la pulpa se convierta en acido acético que
se evapora y que la semilla se hinche, segundo, que se reproduzca el amargor y la astringencia y que así se desarrollen los precursores del aroma. La calidad de los granos depende de este proceso de fermentación, si es excesivo el cacao puede arruinarse, si es insuficiente puede adquirir un sabor de patatas crudas y son atacados por los hongos. Luego de la fermentación se extienden los granos y mientas se trillan constantemente se desecan, en grandes plantaciones esto se
hace en enormes bandejas, tanto en el exterior para que actúen los rayos del sol, como en cobertizos mediante calor artificial, el peso de los granos disminuye en el proceso una cuarta parte de su peso original. En algunas zonas rurales aun se practica la danza del cacao, los nativos caminan y pisan descalzos los granos y durante la danza se rocían los granos con arcilla roja para obtener un mejor color, pulido y protección contra los hongos durante el viaje a las fábricas donde se someterá a las transformaciones para obtener chocolate.